Johannes Schlaefli ist derzeit "künstlerischer Leiter" des Schweizer Jugendsinfonieorchesters SJSO und des "Alumni-Sinfonieorchesters Zürich". Er ist ständiger Gastprofessor bei den Dirigierklassen an den Musikhochschulen in Zürich und Frankfurt.

Als einer der weltweit gefragtesten Dirigierlehrer wurde er von Institutionen wie der Sibelius- Akademie Helinski, der Juilliard-School New York, dem City of Birmingham Symphony Orchestra, dem Aspen Music Festival und vielen anderen eingeladen. Er ist außerdem "Head of Teaching" an der Gstaad Menuhin Festival Conducting Academy und arbeitet mit dem renommierten "Dirigentenforum" in Deutschland sowie mit dem norwegischen "Dirigentloftet" in Oslo zusammen. Als Gastprofessor unterrichtete er in ganz Europa an den Musikhochschulen in Wien, Berlin, Leipzig, Hamburg, Frankfurt, Manchester, Kopenhagen und Helsinki.

Zu seinen ehemaligen Studierenden, die international auf sich aufmerksam machen, gehören u.a. Mirga Grazinyté-Tyla, Patrick Lange, Philippe Bach, Christian Kluxen, Leo McFall, Corinna Niemeyer, Kerem Hasan, Nuno Coelho, Johanna Malangre und Delyana Lazarova.

Johannes Schlaefli war Mitbegründer des Kammerorchesters Basel im Jahr 1984. Von 1995- 2013 war er Chefdirigent des Berner Kammerorchesters, bevor er von 2013-2019 als Chefdirigent das Mannheimer Kammerorchester leitete. Seit 2018 war er Chefdirigent des Sinfonieorchesters "Collegium Musicum Basel" und wird seine Amtszeit im Sommer 2024 beenden. Als Gastdirigent konzertierte er in seinem Heimatland mit Orchestern wie dem Tonhalleorchester Zürich, dem Orchestra della Svizzera Italiana Lugano, den Sinfonieorchestern in Biel, Bern, St. Gallen, Luzern, der Kammerphilharmonie Chur, dem Zürcher Kammerorchester, dem argovia philharmonic und anderen. International gastierte er u.a. bei der Hong Kong Sinfonietta, dem Indianapolis Chamber Orchestra, dem Knoxville Symphony Orchestra, dem Münchner Rundfunkorchester, der Janacek Philharmonie Ostrava, der Philharmonia Prag, dem Allegra Festival Orchester Sofia, der Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz, dem Sinfonieorchester Göttingen, der Berlin sinfonietta etc